È un’infezione di tipo batterico (anaerobico), come suggerisce il nome stesso, dovuta a uno squilibrio dei microrganismi che compongono la naturale flora vaginale. Il numero dei Lactobacilli, normalmente preposti a mantenere un corretto ambiente acido vaginale, diminuisce considerevolmente permettendo ai batteri di proliferare.

La Vaginosi batterica è definita polimicrobica perché può essere causata dalla proliferazione di più specie batteriche tra cui, di solito, prevale il batterio Gardnerella vaginalis. Se trascurata, la vaginosi può portare a recidive, complicanze ginecologiche o favorire la trasmissione di malattie veneree a seguito di rapporti non protetti.